歷史沿革► 民國45年1月成立「馬祖衛生院」，同年7月改為「連江縣衛生院」，以當時縣政府所在地南竿鄉復興村為院址，開辦公共衛生及醫療保健業務。
► 民國60年成立環境衛生促進組，執行環境衛生用藥之噴灑，病媒管制，飲用水井消毒等工作。
► 民國82年7月1日改制成立連江縣衛生局，掌理衛生環保行政業務，由第二科負責全縣環保工作業務。
► 民國92年1月1日成立連江縣政府環境保護局（在衛生局原址復興村216號辦公）。
► 民國92年3月3日搬遷至原物資處辦公室（介壽村14號）辦公。
► 民國101年3月16日搬遷至原南竿垃圾焚化廠改建之環保局新大樓（復興村214-3號）現址辦公。
► 民國106年1月1日起因組織修編更改為連江縣環境資源局。
